Helsingin seurakuntayhtymään kuuluvat 17 suomenkielistä ja kolme ruotsinkielistä evankelis-luterilaisesta seurakuntaa:

Haagan seurakunta, Herttoniemen seurakunta, Kallion seurakunta, Kannelmäen seurakunta, Lauttasaaren seurakunta, Malmin seurakunta, Meilahden seurakunta (1.1.2019 alkaen yhdistynyt Töölön seurakuntaan), Helsingin Mikaelin seurakunta, Munkkiniemen seurakunta, Oulunkylän seurakunta, Paavalin seurakunta, Pakilan seurakunta, Pitäjänmäen seurakunta, Roihuvuoren seurakunta, Helsingin tuomiokirkkoseurakunta, Töölön seurakunta, Vartiokylän seurakunta, Vuosaaren seurakunta, Johannes församling, Matteus församling ja Petrus församling.

Helsingin seurakuntayhtymän hautausmaita ovat Hietaniemen hautausmaa, Honkanummen hautausmaa Vantaalla, Kulosaaren hautausmaa, Malmin hautausmaa, Maunulan uurnalehto ja Östersundomin hautausmaa.